高通量测序数据处理学习记录（六）：什么是测序深度和测序覆盖度？

Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses.

现在接触销售人员进行二代测序，挂在嘴边的就是我们公司可以测多少X，即使是做了一段时间的分析的我有时候还是会疑惑，sequencing depth和covergae的区别是什么，正确的计算方法是什么，不同的二代测序技术不同的动物模型需要测多少X才合适。下面我就简单的记录一下自己的学习记录。

现在大家喜欢直接看结果，那我就直接抛出一个计算网站： calculator 输入读段长度，测序类型和基因组大小，就可以根据读段数计算深度

Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses 这篇文章就是对这个问题的一个详细讨论，下面我给大家翻译翻译。

举例来说，人类基因组3.1G，一个RNA-seq的reads数据为20M，数据为paired-end，读长150bp，那么测序深度就是20M2150/3.1G= 2 X

那我们再来讨论一下sequencing depth 和 sequencing coverage的区别： 事实上没有区别，若是真要讲个说法，那就是coverage可以理解为检测到全基因组的多少区域（百分比，最大值为100%），但是sequencing covergae指的就是depth of sequencing coverage也就是sequencing depth，反映了一个区域被平均多少个reads检测到。 另外breadth of coverage需要区别一下，就是将全基因组大小换成target region作为分母计算上面那个公司，

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